وانکومایسین در موارد محدودی از جمله در پیشگیری و درمان آندوکاردیت و سایر عفونت های جدی ناشی از کوکسی های گرم مثبت ( مانند استافیلوکوک مقاوم به پنی سیلین ها ) مصرف می شود. وانکومایسین از راه خوراکی در درمان عفونت های سیستمیک موثر نیست، اما به طور خوراکی در درمان کولیت پسودوممبران ناشی از آنتی بیوتیک ها مصرف می شود .

وانکوماسین پس از انفوزین به طور گسترده در بافتها و مایعات بدن منتشر می شود. از آنجا که اثر دارو نسبتاً طولانی مدت است، می توان آن را هر 12 ساعت مصرف نمود. نیمه عمر دارو در بزرگسالان 11-4 ساعت است که در صورت عیب کار کلیه ممکن است به 10-6 روز برسد. دفع این دارو عمدتاً کلیوی است.