شایع ترین عارضه جانبی حاصل از این دارو اثر گذاری بر سیستم عصبی مرکزی است شامل سرگیجه، اختلالات دید و سبکی سر. همچنین حالت تهوع، استفراغ، سردرد، لرزش، نوروپاتی محیطی آتاکسی و پاراستزی ممکن است رخ دهند. این آثار عموماً موقت است و به کاهش دوز پاسخ می دهند. از دیگر عوارض جانبی سیستم عصبی مرکزی عبارتند از: هالوسیناسیون، گیجی، افسردگی، دیسکنزیا و تشنج. واکنش های پوستی شامل موارد نادر کهیر نیز رخ داده اند و مواردی هم از حساسیت نوری مشاهده شده است. ندرتاً اختلالات عملکرد کبدی رخ می دهند. در اثر درمان طولانی مدت رسوبات قرینه ای، فیبروز ریوی و پنومونیت رخ می دهند. به نسبت عوارض سیستم عصبی مرکزی، آثار قلبی عروقی کمتر شایع هستند اما می توانند جدی و گاهاً کشنده باشند. تاکی آریتمی بطنی در اثر دوزهای بالا فلکائینید گزارش شده است. همچنین درد قفسه سینه و انفارکتوس میوکارد ایجاد شده اند. در بیمارانی که قبلاً دچار انفارکتوس میوکارد شده اند و از فلکائینید جهت علامت درمانی آریتمی بطنی استفاده می کنند، افزایش در میزان مرگ و میر مشاهده شده است.
اگر بیمار با مصرف بیش از حد فرم خوراکی فلکائینید در یک ساعت اول بعد از خوردن مراجعه کرد می توان از شارکول فعال استفاده نمود. درمان به طور عمده علامتی و حمایتی است و ممکن است به علت نیمه عمر طولانی دارو و احتمال حذف دارو در دوزهای بالا به فرم غیر خطی، درمان تا مدت طولانی ادامه یابد. همودیالیزو هموپرفیوژن تأثیری در افزایش حذف دارو ندارند.
پیشگیری: درمان با فلکائینید می بایست در بیماران بستری شده در بیمارستان انجام گیرد و هنگامی که در افرادی با نقص های هدایتی مورد استفاده واقع می شود باید لوازم احیا و ضربان ساز در دسترس باشند. کاربرد این دارو در موارد آریتمی های جذبی و خطرناک محدود است و از آن جهت درمان علامتی آریتمی ها مخصوصاً در آنهایی که دارای سابقه انفارکتوس میوکارد هستند نباید استفاده کرد. نشان داده شده است که فلکائینید باعث افزایش حد آستانه ضربانی اندوکارد می شود و در افراد دارای ضربان ساز می بایست با احتیاط مصرف شود. قبل از آغاز درمان با این دارو اختلالات الکترولیت می بایست اصلاح شوند و در افراد مبتلا به اختلالات کلیوی کاهش دوز ممکن است لازم شود و در بیماران با اختلالات پیشرفته کبدی احتیاطات وسیعی باید رعایت شوند.