اسموپرازول ایزومر S امپرازول مهارکننده پمپ پروتون می باشد و به طور مشابه در درمان بیماری زخم معده و ریفلاکس معده- مروی کاربرد دارد و به صورت نمک منیزیم یا سدیم بر حسب دوزهای اسموپرازول تجویز می شود. 2/22 میلی گرم نمک منیزیم آن و 3/21 میلی گرم نمک سدیم آن تقریباً حاوی 20 میلی گرم اس امپرازول می باشند. دوز معمول در بیماری زخم معده به عنوان جزیی از رژیم درمانی 3 دارویی آموکسی سیلین و کلارتیرومایسین، 20 میلی گرم اس امپرازول خوراکی 2 بار در روز و به مدت 7 روز و یا 40 میلی گرم یکبار در روز به مدت 10 روز می باشد. در انگلستان جهت درمان بیماری شدید ریفلاکس معده- مروی 40 میلی گرم، یکبار در روز به مدت 4 هفته تجویز می شود که در صورت لزوم به مدت 4 هفته دیگر نیز ادامه می یابد. در آمریکا برای درمان آغازین دوز 20 یا 40 میلی گرم در نظر گرفته می شود و در مورد بیمارانی که بعد از 4 تا 8 هفته بهبود نیابند می توان یک دوره 4 تا 8 هفته دیگر را نیز در نظر گرفت. برای دوز نگهدارنده و یا درمان علامتی بیماری در هر دو کشور فوق از دوزهای 20 میلی گرم در روز استفاده می شود. دوزهای مشابهی از نمک سدیم دارو به صورت انفوزیون داخل وریدی طی 10 تا 30 دقیقه تجویز می شود. در افراد مبتلا به اختلالات کبدی نیاز به کاهش دوز پیدا می شود.