متوترکسات در درمان آرتریت روماتوئید، پسوریازیس و همچنین در درمان کارسینوم پستان، سر و گردن، ریه، تومور تروفولاستیک، لوسمی لنفوستیک حاد، لوسمی مننژیال، لنفوم های غیر هوچکینب، میکوزفونگوئید، استئوسارکوما، به کار می رود. همچنین در درمان کارسینوم گردن رحم، تخمدان، مثانه، کلیه، پروستات وبیضه، لوسمی میلوسیتیک حاد، میلوم مولتیپل، آرتریت ناشی از پسوریازیس و درماتومیوزیت نیز مصرف شده است.

متوترکسات آنتی متابولیت و آنالوگ اسیدفولیک است که با اتصال به دی هیدروفولات ردوکتاز از احیای دی هیدروفولات به تتراهیدروفولات جلوگیری می کند و در نتیجه باعث مهار ساخت DNA و RNA، تیمیدیلات و پروتئین می شود.

جذب دارو بسیار متغیر است. از سد خونی- مغزی به مقدار کم عبور می کند . در حالی که پس از تزریق از راه غلاف طناب نخاعی، به راحتی وارد جریان خون مغزی می شود. متابولیسم دارو کبدی است. نیمه عمر نهایی با مقادیر مصرف پایین 10-3 ساعت و مقادیر بالا 15-8 ساعت است. زمان لازم برای رسیدن به حداکثر غلظت سرمی بعد از مصرف خوراکی 2-1 ساعت و بعد از تزریق عضلانی 60-30 دقیقه می باشد. دفع دارو عمدتاً کلیوی است.